Говорят что уже не за горами и FAT64 и даже FAT128, NTFS хоть и новее, но FAT по моему мнению все-таки надежнее, хотя для Windows NTFS действительно лучше. Недавно компьютер сломался, купил новый, хотел все со старого HDD перенести все на новый, и получилось, что диск разбит у меня на 3 раздела, 2 из них FAT и 1 NTFS, половина данных с FAT были просто уничтожены, в NTFS все цело.
Кстати, Vista под FAT лучше идет.
В общем, такой вывод у меня получился:
1) Тем, у кого компьютеры старые (купленные раньше 2008), лучше использовать NTFS, т.к. новые ОС будут тяжеловаты, а старые стабильнее работают на NTFS
2) Тем, у кого компьютеры новые, лучше сразу начинать использование FAT16 (32) и что б все хорошо было, сразу с Vist'ой.
Объясняю почему такой вывод: недавно
microsoft выиграла спор на патент FAT, поэтому 64-х и 128-и разрядные уже не за горами, а поскольку она же и занимается производством все-любимой Windows намного выгоднее и надежнее ставить систему будет на FAT.
Это мое мнение и относится оно только к Windows, об остальных ОС не могу ничего сказать